Sebrafisk forteller oss om eksponering for gammastråling påvirker deres følsomhet for en type bakterielle infeksjoner som er vanlig hos oppdrettsfisk.

Om stillingen

Norges miljø- og biovitenskapelige universitet

NMBU har et særlig ansvar for forskning og utdanning som sikrer livsgrunnlaget for fremtidige generasjoner.

Bærekraft er forankret i alt vi gjør og vi leverer kunnskap for livet.

NMBU har 1700 ansatte og 5200 studenter og er organisert i sju fakulteter. NMBU har campus i Ås og i Oslo. Høsten 2020 er vi samlokalisert på Ås.

Nærmere opplysninger om NMBU finnes på www.nmbu.no.

Om Veterinærhøgskolen

NMBU Veterinærhøgskolen er landets eneste veterinærfaglige utdanningsinstitusjon og gir kompetanse innen veterinærmedisin og veterinær samfunnsmedisin. Fakultetet utdanner veterinærer, dyrepleiere og doktorander i Veterinærvitenskap og forsker på veterinærmedisin og relaterte biomedisinske fagområder. Vi har 500 studenter og er 430 ansatte.

Fakultetet består av instituttene Basalfag og akvamedisin, Mattrygghet og infeksjonsbiologi, Produksjonsdyrmedisin og Sports- og familiedyrmedisin. Vi driver også Universitetsdyresykehuset, som er nært knyttet til vår forskning og utdanning, og tar imot pasienter fra hele landet.

Institutt for basalfag og akvakultur er et av fire institutter ved Veterinærhøgskolen; NMBUs største fakultet. Det er ca. 85 tilsatte ved instituttet. Instituttets hovedoppgaver er undervisning, formidling, og forskning på høyt internasjonalt nivå innen de veterinærmedisinske basalfag.

Ved Seksjon for biokjemi og fysiologi er det i dag ca 25 faste og midlertidig tilsatte fordelt på tre forskningsgrupper. Forskningen er fokusert rundt tre hovedområder; regulering av kjønnsmodning, epigenetikk og genregulering på tidlige utviklingsstadier, og funksjon og regulering av prionproteiner. Forskningsmodeller for de to første områdene er hovedsaklig små modellfisk (sebrafisk og medaka) mens det i prionforskningen benyttes ulike pattedyrmodeller og cellelinjer.

Alestrøm Lab (NMBU sebrafisk omics gruppe) / CERAD Partner NMBU VET har kompetanse og lang erfaring med å bruke sebrafisk som forskningsmodell (nmbu.no; zebrafish.no). CERAD SFF er etablert ved NMBU (nmbu.no/cerad) for å utføre grunnleggende langsiktig forskning og utvikle «state-of-the-art» verktøy og metoder for å beskytte mennesker og miljø fra stråling.

Ved Institutt for basalfag og akvamedisin (BasAm), Seksjon for biokjemi og fysiologi er det ledig stilling som stipendiat innen epigenetikk - bioinformatikk - omics med varighet 3 år 2019-2022.

Stillingen er også knyttet til CERAD SFF (NFR 2013-2022).

Professor Peter Aleström vil være hovedveileder og et prosjektteam bestående av eksperter innen prosjektets spesialfag vil fungere som medveiledere. Forskergruppen «Zebrafish Omics» har i over 10 år hatt fokus på epigenetisk kontroll av embryoutvikling og bruker sebrafisk som modellorganisme (se https://www.nmbu.no/ans/peter.alestrom). I tillegg til forankring i miljøet rundt sebrafiskgruppen, vil prosjektet ha nær faglig kontakt og utbytte med forskermiljøer fra andre CERAD-partnere og delta i et internasjonalt samarbeid for å sikre tilgang til høy kompetanse.

Prosjekttittel: Mekanismer bak sensitivitet for infeksjon hos avkom fra fisk utsatt for gammastråling under utvikling av kjønnsceller («germline development»).

Kandidaten vil arbeide med undersøkelser av hvordan stråling påvirker epigenomet hos sebrafisk og hvordan dette i sin tur påvirker fenotypen med hensyn til sensitivitet/toleranse for infeksjonssykdom. Arbeidet vil bestå av smitteforsøk med patogene bakterier (Aeromonas hydrophila) av sebrafisk som er avlet (F1) fra foreldre (F0) som har vært eksponert for radioaktiv strålning under germline development. Fenotypiske uttrykk av patogenesen vil studeres med mikroskopi, registrert overlevelse og epigenomikk. Overføring av egenskaper til neste generasjon avkom(F2) vil bli analysert for å påvise eventuelle transgenerasjonelle effekter. Hovedfokus vil være tidlige effekter av patogenesen, målt som endringer i genekspresjon og epigenetiske markører for kromatinstruktur og -organisering. Det innebærer prøvetaking og opparbeidelse av prøvemateriale, laging av sekvensbibliotek og analyse av sekvensdatasett ved hjelp av bioinformatiske verktøy, inklusive pathway-analyser, for å kartlegge forekomst av epigenetiske mønstre med relevans for sykdomsforløpet.

Arbeidsoppgaver

• Delta i eksperimentell planlegging og holde oversikt over den eksperimentelle fisken, inkludert FOTS-søknad
• Eksperimentell smitte av sebrafisk og prøvetaking
• Kartlegging og dokumentasjon av patogenese ved avansert mikroskopi og billedanalyse
• Opparbeiding av prøver til, og kvalitetskontroll av, sekvenseringsbibliotek
• Analyse av datasett med bioinformatikk/biostatistikk
• Validering av resultater for kobling til biologisk funksjon
• Formidling av forskningsresultater og fagstoff på fagmøter og vitenskapelige publikasjoner.

Det forutsettes at den som tilsettes går inn i et godkjent opplegg for en ph.d.-grad og at arbeidet legges opp med sikte på å fullføre en doktorgrad i løpet av tilsettingsperioden.

Kvalifikasjonskrav for stillingen

For å kunne tilsettes må kandidaten oppfylle kravene for opptakt til ph.d.-utdanning ved NMBU. Kandidaten må ha en relevant utdanning tilsvarende en femårig masterutdanning med 120 studiepoeng på masternivå. Søkeren må ha en dokumentert sterk faglig bakgrunn fra tidligere studier, og kunne dokumentere gode engelskkunnskaper, både skriftlig og muntlig. For mer utfyllende informasjon om opptakskriterier, se «Forskriften for graden ph.d. ved NMBU» og «programbeskrivelsen» for det aktuelle ph.d. programmet

Faglige kvalifikasjonskrav

Det kreves:

• Utdanning på masternivå innen molekylærbiologi/genteknologi/bioteknologi. Andre relevante grader på masternivå kan vurderes.
• God kompetanse fra arbeid innen molekylærbiologi og genteknologi
• Gode datakunnskaper med kompetanse fra bioinformatikk.
• God skriftlig og muntlig formuleringsevne på norsk/skandinavisk og engelsk.

Det er ønskelig med:

• Kompetanse innen transcriptomikk, epigenomikk, "next-generation sequencing"
• Erfaring fra Linux operativsystem
• Kjennskap til relevante statistiske metoder
• Forskningserfaring fra bruk av bioinformatikk rettet mot epigenetiske analyser.
• Forskningserfaring fra arbeid med sebrafisk

Følgende egenskaper og kunnskaper vektlegges:

• Høy motivasjon for forskning
• Gode evner til å arbeide selvstendig
• Gode samarbeidsevner
• Høy motivasjon for forskning
• Gode sosiale- og kommunikasjonsferdigheter

Det er ønskelig med:

• Fleksibilitet, arbeidskapasitet og et godt humør

Lønnsvilkår og informasjon

Stillingen innplasseres i stillingskode 1017 Stipendiat, lønnsramme 20. Stipendiater innplasseres normalt i lønnstrinn 54(NOK 479.600) Asiennitetsopprykk i stillingen.

Tilsettingen skjer i henhold til gjeldende nasjonale retningslinjer for tilsetting som stipendiat ved universiteter og høgskoler. Stipendiatstillingen er en åremålsstilling.

Nærmere opplysninger ved:

• Professor Peter Aleström, tlf: +47 67232081, e-post: peter.alestrom@nmbu.no

Informasjon til deg som søker stipendiatstilling og generell informasjon til søkere

Slik søker du:

Søknad sendes elektronisk via linken "Søk stillingen" på denne siden. Søknader som ikke sendes elektronisk via Jobbnorge innen fristen, vil ikke bli vurdert.

Søknaden må inneholde opplysninger om din utdanning og tidligere praksis, samt din motivasjon for å gjennomføre et slikt ph.d.-prosjekt.

Legg ved vitnemål og eventuelle attester.

Søknadsfrist: 1912.19

Følgende dokumenter skal legges ved søknaden:

• Søknadsbrev
• Prosjektbeskrivelse med noen mulige problemstillinger, avgrensninger og metodevalg med utgangspunkt i beskrivelsen av hovedprosjektet – denne vil bli videre bearbeidet etter ansettelse
• CV og relevante vitnemål/attester
• ev. liste over vitenskapelige arbeider

Dokumenter som ikke kan sendes elektronisk sendes i tre eksemplarer i ordinær post merket still.nr. 19/01757

til NMBU, Institutt for basalfag og akvamedisin, postboks 5003, NO-1432 Ås.

Søkere som innkalles til intervju må kunne fremlegge bekreftede kopier av vitnemål og attester.

Søk stillingen